Le prix de revient des biocarburants est souvent apparenté au coût de production net, tenant compte des bénéfices réalisés grâce à la vente des co-produits, mais aussi des éventuelles subventions accordées aux agriculteurs ou aux producteurs de biocarburants. La figure ci-dessous présente une comparaison des coûts de production nets actuels des biocarburants liquides (en CHF/l) selon la provenance.
Figure : Coût de production net (en CHF/l) des biocarburants selon la provenance
Si le coût de production net du biodiesel varie relativement peu d'un pays à l'autre, celui du bioéthanol, en revanche, peut varier considérablement selon la provenance et la matière première. Le coût de production du bioéthanol en Europe est en moyenne trois fois plus élevé qu'au Brésil et deux fois plus élevé qu'aux Etats-Unis.
Sur le diagramme de la figure ci-dessus, les coûts de production sont entendus franco usine de production de bioéthanol. Il convient par conséquent d'y rajouter le coût du transport jusqu'au lieu d'utilisation. Dans le cas d'une importation vers l'UE de bioéthanol en provenance du Brésil, par exemple, l'éthanol doit dans un premier temps être transporté par rail ou par camion de l'usine jusqu'au port, d'où il sera alors acheminé par tanker jusqu'en Europe, et enfin distribué aux clients. Tout au long de ce trajet, le bioéthanol devra par ailleurs conserver son caractère anhydre. Pour l'éthanol produit hors UE, il convient encore d'ajouter les droits de douanes qui s'élèvent à 10,2 €/hl pour l'éthanol dénaturé (rendu impropre à la consommation) et 19,2 €/hl pour l'éthanol non dénaturé.
En Suisse, la modification de la Limpmin impose à l'Administration fédérale des douanes de préciser les régimes fiscaux applicables aux biocarburants importés et à la production indigène.
Bien qu'une certaine volonté de "protéger" la production indigène semble se dessiner [1], les accords GATT/OMC pourraient exiger l'application de mesures unilatérales destinées à traiter les biens extraterritoriaux sur un même pied d'égalité [2]. En attendant la nouvelle Ordonnance, les biocarburants produits en Suisse dans le cadre d'installations pilotes sont exonérés de l'impôt sur les huiles minérales, tandis que les biocarburants importés sont soumis à l'impôt (soit 720,60 CHF/1'000 l), au même titre que les carburants d'origine fossile (diesel et essence).
Contrairement à ces principes de l'OMC, l’UE a pris des mesures afin de soutenir la production indigène de carburants issus de matières premières renouvelables (subventionnement de la production, système différencié d’allégement fiscal en faveur de certains producteurs, droits de douane sur les importations de ces carburants). Les Etats-Unis subventionnent également la production de carburants issus de matières premières renouvelables et refusent d’accorder aux importations les allégements fiscaux qui sont consentis aux producteurs indigènes. Ils ont en outre introduit un droit de douane qui dépasse le montant de l’allégement fiscal. Cette situation, toutefois, n'a pas empêché les Etats-Unis d'importer en 2006 plus de 2'500 Ml (soit plus d'une fois et demie la production européenne de bioéthanol-carburant).
